□ 국무총리 조세심판원(원장 김낙회)은 지난 2월 10일 조세심판원장(의장), 내부 상임심판관(6명), 외부 비상임심판관(13명)으로 구성되는 조세심판관 합동회의를 개최하여,

ㅇ 심판청구사건에 대해 아래와 같이 심리‧결정하였음

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※ 붙임 : ‘조세심판관 합동회의 결정요지 등’ 참조

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1. 청구법인이 특정사업부분을 분리하여 자회사를 설립하고 청구법인에 근무하던 직원이 소속은 청구법인에 둔채 자회사에서 근무하면서 받는 대가는 동직원의 근로소득일 뿐 청구법인이 소속직원을 파견하여 용역을 제공한 대가로 받는 것이 아니므로 부가가치세 과세대상이 아님

(조심 2011서717‧1991, 2012.2.17.)

□ 과세 개요

ㅇ 특수법인인 청구법인은 2002년경 경영합리화를 위하여 특정사업부문을 분리, 100% 자회사를 설립하였고, 기존에 동 사업부문에 종사하던 직원들을 모두 자회사 소속으로 전적할 계획이었으나 노동조합의 반발로 직원 전체를 전적시키지는 못하고 전적을 희망하지 않는 직원에 대해서는 소속을 청구법인으로 한 채 자회사에서 근무하게 함

ㅇ 과세관청은 전적하지 않은 직원이 청구법인의 소속으로 되어 있고, 자회사가 당해 직원들의 급여를 청구법인의 급여규정에 의해 지급하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 자회사에 근로자 파견용역을 제공한 것으로 보아 자회사가 당해 직원들에 지급한 급여 및 퇴직금적립액을 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함하여 청구법인에게 부가가치세를 부과함

* 부가가치세법 제7조 제1항 등 참조

□ 결정 요지

ㅇ 청구법인이 실제로 자회사의 설립과정에서 직원의 전적을 추진하였으나 노동조합의 반발로 부득이 일부 직원에 대해 소속만 두게 하였을 뿐,

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ㅇ 청구법인은 자회사로부터 당해 직원들의 근로제공에 대한 대가를 직접 지급받지 아니한 점, 당해 직원들은 청구법인으로부터 업무지시를 받지 아니하고, 보수도 지급받지 아니하며, 자회사의 정원을 구성하고 있고 자회사에서의 근무가 청구법인에서의 근무를 목적으로 하는 복귀를 전제로 하지 아니하며, 자회사가 당해 직원들에 대한 급여는 물론, 고용보험, 건강보험, 산재보험료, 퇴직금, 직무교육비용까지 부담하고, 출‧퇴근, 휴가, 출장, 외출 등 이들에 대한 근태관리를 직접 행하고 있는 점 등에 비추어

-  이를 영리를 목적으로 사용사업주에게 인력을 파견하여 근로를 제공하게 하는 ‘근로자파견’과는 달리 보아야 할 것이고, 당해 직원들이 자회사로부터 받는 급여 등은 사실상 자회사의 직원으로서 지급받는 급여 등에 해당하므로 이에 대해 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음

□ 관련 법령

ㅇ 부가가치세법 제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. ③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

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2.「조세특례제한법」의 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 퇴직금(중간정산퇴직금)은 포함되지 아니함

(조심 2011부1401, 2012.2.16.)

□ 과세 개요

ㅇ 제조업을 영위하는 청구법인은 2006～2009사업연도 법인세 신고시 연구원의 중간정산퇴직금을 「조세특례제한법」의 연구‧인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함하여 신고함

ㅇ 과세관청은「조세특례제한법」기본통칙^*에 의거 퇴직금은 연구‧인력개발비 세액공제 대상의 인건비가 아니라고 보아 세액공제를 배제하고 청구법인에게 법인세를 부과함

* 조세특례제한법 기본통칙 9- 8…1【연구 및 인력개발비의 용어 정의 등】

① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다. 

1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.

□ 결정 요지

ㅇ 「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 제시한「조세특례제한법」기본통칙 9- 8…1은 구 「조세감면규제법」기본통칙 2- 5- 12…16을 「조세특례제한법」신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 

-  2012.2.2. 시행된「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제23590호) 별표6 에서도 연구‧인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점,

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ㅇ 또한,「조세특례제한법」상의 연구‧인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구‧인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 「조세특례제한법」의 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 퇴직금(중간정산퇴직금)이 포함된다고 보기는 어려움

□ 관련 법령

ㅇ조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장‧무도장‧유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. ㅇ 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)  제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용) 1. 기술개발 가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 ㅇ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용) 1. 연구개발 가. 자체연구개발 ① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」제33조에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다)

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