□ 국무조정실 조세심판원(원장 : 박종성) 조세심판관회의는 국세청에 등록된 전자세금계산서 시스템을 이용하였으나 전자세금계산서를 지연발급한 사업자가 제기한 심판청구사건을 심리하여 지연발급에 따른 가산세 부과가 부당하다는 청구주장을 인용하는 결정을 하였음(조심 2013서508, 2013.8.23.)

□ 이는 국세청이 과세자료 수집의 편의를 위하여 일정한 납세자에게 전자세금계산서를 발급할 의무를 새로이 부과하면서 국세청에 등록된 시스템을 통하도록 강제하고 있으므로 

ㅇ 동 제도의 정착 과정에서 발생한 전자세금계산서 시스템의 오류로 야기된 문제에 대한 책임을 납세자에게만 부담하게 할 수 없다고 판단함으로써 적극적으로 납세자 권리구제를 한 데에 의의가 있음

※ 별첨 1. 청구사건 개요

 2. 관련 법령

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별첨 1. 청구사건 개요

□ 과세개요

ㅇ  법인사업자인 청구법인은 국세청장에게 등록된 전자세금계산서 시스템을 이용하여 법인의 공인인증서가 아닌 직원 개인의 것을 등록·로그인^*한 후 전자세금계산서를 발급하였고, 위 시스템은 전자서명 오류 검증이 주기능(시스템 표준인증 항목)임에도 법인이 전자세금계산서를 정상적으로 발급한 것으로 처리함 

* 공인인증서를 이용한 로그인 절차로 세금계산서의 발급시 전자서명 절차를 갈음함

ㅇ  국세청장은 세금계산서 발급기간(거래일의 익월 10일) 이후 전송기간(거래일의 익월 15일) 내에 청구법인으로부터 전자세금계산서 발급명세를 전송받고 “전자서명 오류”를 이유로 이를 반송함

-  청구법인은 곧 법인의 공인인증서로 전자서명을 하여 전자세금계산서를 재발급하였으나 세금계산서 발급기간은 이미 도과함

ㅇ 과세관청은 청구법인이 세금계산서 발급시기를 경과하여 전자세금계산서를 발급하였다고 보아 전자세금계산서지연발급가산세(공급가액의 1%, 1억원 한도)를 부과함

□ 결정내용

ㅇ 청구법인이 정보통신산업진흥원의 표준인증을 받아 국세청에 등록된 시스템을 이용하여 전자세금계산서를 발급함에 있어 법인의 공인인증서가 아닌 타인(직원)의 것으로 전자세금계산서 시스템에 로그인한 잘못이 있으나, 

ㅇ 전자세금계산서 시스템은 작성자와 전자서명자가 일치하는 경우에만 전자세금계산서를 발급하여야 함에도, 청구법인의 전자서명 불일치를 인식하지 못하고 정상 발급으로 처리한 결과 발급기간 내에 오류를 시정하지 못하였음

ㅇ 따라서, 청구법인의 전자서명 과실보다는 국세청에 등록된 전자세금계산서 시스템의 오류가 중하여 문제가 발생하였음에도 납세자에게 전자세금계산서지연발급가산세를 부과하는 것은 과도하다고 판단하였음

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[참고1] 국세청의 전자세금계산서 제도 도입

ㅇ 국세청은 납세협력비용을 절감시키고 거래의 투명성을 제고하기 위하여 2010.1.1.부터 전자세금계산서 제도를 시행함

ㅇ 법인사업자는 2011.1.1.부터 「부가가치세법」제16조 제2항과 같은 법 시행령 제53조의2에서 정한 전자적 방법(① 세금계산서 기재사항을 ② 국세청에 등록된 시스템 또는 국세청의 시스템을 이용하여 ③ 전자세금계산서 표준에 따라 ④ 공인인증을 거쳐 ⑤ 정보통신망으로 발급)으로 세금계산서를 발급하여 국세청에 전송하여야 함

-  불이행시 가산세를 부담하는 불이익을 받음

[참고2] 청구법인이 이용한 전자세금계산서 시스템 사업자는 이 사건을 계기로 2013.6.7. 국세청장에게 대용량 전자세금계산서 시스템 사업포기를 신청

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별첨 2. 관련 법령

◦ 부가가치세법 제16조 [세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. 

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. 

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. 

◦ 부가가치세법 시행령 제53조의2 [전자세금계산서] ② 법 제16조제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 전자적 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 같은 조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 말한다. 

1. 「조세특례제한법」 제5조의2제1호에 따른 전사적(全社的) 기업

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자원 관리설비로서 「전자거래기본법」 제18조, 제23조 및 제24조에 따른 표준인증을 받은 설비를 이용하는 방법

2. 「전자거래기본법」 제18조, 제23조 및 제24조에 따른 표준인증을 받은 실거래 사업자를 대신하여 전자세금계산서 발급업무를 대행하는 사업자의 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

3. 국세청장이 구축한 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

4. 전자세금계산서 발급이 가능한 현금영수증 발급장치 및 그 밖에 국세청장이 지정하는 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

③ 제1항에 따른 사업자(실거래 사업자를 대신하여 전자세금계산서 교부업무를 대행하는 사업자를 포함한다) 및 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증 사업자는 제2항제1호ㆍ제2호ㆍ제4호의 설비 및 시스템에 대하여 국세청에 등록하여야 한다. 

◦ 부가가치세법 시행규칙 제16조의2 [전자세금계산서] ① 법 제16조제2항에 따른 전자세금계산서는 「전자거래기본법」 제24조제1항에 따라 제정된 전자세금계산서의 표준에 따라 생성ㆍ발급ㆍ전송되어야 한다.

② 영 제53조의2제3항에 따라 전자세금계산서 설비 및 시스템을 등록하려는 사업자는 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 국세청장 또는 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 위험관리계획서

2. 전산조직운용명세서

3. 대표자 보안 서약서

4.「정보통신산업 진흥법」 제26조에 따른 정보통신산업진흥원(이하 이 조에서 “정보통신산업진흥원"이라 한다) 표준인증서 사본

5. 제1호부터 제4호까지의 서류 외에 전자세금계산서의 안정적 운영을 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 서류

ㅇ 전자거래기본법 제24조(전자문서 및 전자거래의 표준화) ① 정부는 전자문서 및 전자거래의 효율적 운용과 관련 기술의 호환성(互換性) 확보를 위하여 다음 각 호의 사업을 추진하여야 한다.

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1. 전자문서 및 전자거래와 관련된 표준의 제정·개정 및 폐지와 그 보급

◦ 전자세금계산서 시스템을 구축·운영하는 사업자가 지켜야할 사항에 관한 고시(2011.5.9. 국세청 고시 2011- 12호)

제1조(전자세금계산서) ⓛ 전자세금계산서는 「전자거래기본법」제24조 제1항에 따라 제정된 표준 내용대로 생성·발급되고 국세청에 전송되어야 한다. 

제2조(표준인증) 「부가가치세법 시행령」제53조의2 제2항 제1호의 전사적 자원관리 시스템 또는 제2호의 실거래 사업자를 대신하여 전자세금계산서 발급업무를 대행하는 시스템을 운영하는 사업자는 정보통신산업진흥원에서 표준의 준수 여부에 대한 인증(이하 “표준인증” 이라 한다)을 받아야 한다. 

제6조(오류자료의 반송) ⓛ 발급된 전자세금계산서 국세청 전송 시 암호화된 문서의 복호화 실패, 승인번호 및 전자서명 오류, 국세청 미등록 사업자, 전송일·발급일·작성일 오류, 스키마 오류 등 「전자거래기본법」제24조 제1항에 따라 제정된 표준에서 규정한 오류가 발생한 경우 또는 검증이 불가능한 경우에는 반송 처리되며 전자세금계산서가 발급되지 않은 것으로 간주한다.

◦ 전자세금계산서 개발지침 v1.0(지식경제부 고시 제2009- 37호) 

5.1.3. (본인확인방법) 전자서명 검증 후 전자세금계산서의 공급사업자와 전자서명문 생성자가 일치하는지를 확인하여야 하는 과정이 필요하며 이는 vID검증을 수행하여야 한다.

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