[보도자료] 조세심판원 '23년 2/4분기 주요 심판결정례 공개
- 작성자 : 보도자료관리자
- 등록일 : 2023.07.27
- 조회수 : 4026
조세심판원, ’23년2/4분기
주요 심판결정 공개
-국민의 경제활동 등 일상생활과 밀접한 관련이 있는 주요심판결정 3건을 선정
- [조심2022전5362] 정부출연기관인 청구법인은 A국에 원자로 설계용역 및 관련 교육훈련용역을 제공하였는바, 이는 용역의 수출(공급)에 해당하여 부가가치세 과세대상이므로 이와 관련된 매입세액은 공제대상임
- [조심2022서7132] 정당한 이유 없이 장기간 과세를 미루어 오다가 부과제척기한 임박을 이유로 과세예고통지와 동시에 한 양도소득세 부과처분은 납세자의 과세전적부심사청구권을 침해하여 절차상 중대한 하자가 있으므로 위법함
- [조심2022지851] 청구법인은 물적분할로 설립된 법인으로, 분할 전 법인이 토지 양수계약을 체결하고 그 지상에 산업용 건축물을 신축한 상태에서, 청구법인이 위 토지를 취득한 경우, 해당 토지는 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 취득한 토지에 해당하여 취득세 감면대상임
□조세심판원(원장: 황정훈)은 ’23년 2/4분기 조세심판사건 중 국민의 경제활동 등 일상생활과 밀접한 관련이 있는 3건의 심판결정을 선정하였다.
ㅇ이번 심판결정 공개를 통해 납세자의 세금 신고·납부와 관련 경제생활 등에 실질적으로 도움이 되길 기대한다.
□‘23년 2/4분기 주요 심판결정 사례
① 조심 2022전5362, 2023.6.1. (인용)
ㅇ「부가가치세법」제4조 제1호는 사업자가 행하는 용역의 공급을 과세대상으로 규정하고 있으나, 같은 법 제26조 제1항 제15호 및 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목은 학술연구용역과 기술연구용역을 부가가치세를 면제하는 인적용역 중 하나로 규정하고 있다.
- 그리고「부가가치세법」제38조는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 공제하도록 규정하고 있는 반면, 같은 법 제39조 제1항 제7호는 면세사업 등에 관련된 매입세액은 이를 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
ㅇ 정부출연기관인 청구법인은 2015년 9월 A국과 원자로 건설 前 설계 협약(이하 “쟁점협약”이라 한다)을 체결하고, 같은 해 12월부터 3년여간 이에 따른 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 수행한 후, 쟁점사업을 부가가치세 과세사업으로 보아 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
ㅇ 처분청은, 쟁점사업이 공동연구개발사업에 불과할 뿐 애당초 부가가치세 과세대상(용역의 공급)에 해당하지 않거나 용역의 공급으로 보더라도 이는 부가가치세 면세대상인 학술연구용역 또는 기술연구용역에 해당한다는 이유에서, 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하였다.
ㅇ심판부는 이에 대해 아래와 같은 점 등을 종합 고려할 때, 쟁점사업은 공동연구개발로 보기도 어려울 뿐만 아니라 학술연구용역 등이 아니며, 청구법인이 A국에 원자로 설계용역 및 관련 교육훈련용역을 제공한 용역의 수출(공급)에 해당하는 것으로 보아, 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다.
- 우선, 공동연구개발인지 여부와 관련하여, ① 쟁점사업의 업무분장(공정표)상 단계별 업무수행자에 A국 관계자는 나타나지 않을 뿐만 아니라, 청구법인의 담당공정에 A국 인력에 대한 교육훈련이 있는 점, ② 청구법인의 인력은 191명 중 152명(79.6%)이 박사급인데 반해, A국 인력은 44명 중 1명(2.3%)에 불과하여 A국의 경우 원자력 공학 분야에 대한 전문지식이 없는 것으로 보이는 점, ③ 쟁점사업에서 생산된 약 9,000여건의 설계문서/도면 중 A국 연구원들이 생산에 참여한 서류는 약 200건(2.2%)에 불과한 점 등에 비추어, 양측 간 공동연구개발 자체의 성립이 불가능해 보인다고 판단하였다.
- 다음으로, 학술연구용역 등인지 여부와 관련하여 ① 청구법인은 이미 2012년 7월에 원자력안전위원회로부터 원자로에 대한 표준설계인가를 획득하였고, 쟁점사업과 관련 매입세액의 주요 구성내역을 보면 그 대부분이 청구법인의 인건비와 원전 전문기업들에 대한 설계용역비로 지출된 것으로 나타나는 점, ② 청구법인이 제출한 보고서 등에 비추어 이 건은 청구법인이 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 개발을 위해 연구용역을 제공하였다기보다는, 청구법인이 이미 개발하여 보유한 기술을 A국에 이전하여 주고 그 대가를 받은 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점사업을 부가가치세 면제대상인 학술연구용역 등으로 보기도 어렵다고 판단하였다.
②조심 2022서7132, 2023.4.10. (인용)
ㅇ「국세기본법」제81조의15 제2항은 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하면서, 다만 같은 조 제3항은 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
- 그리고「국세기본법」제26조의2 제1항 본문은 국세의 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 국세 중 신고세목의 경우 부과제척기간의 기산일을 과세표준신고기한의 다음 날로 규정하고 있다(예정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다).
- 한편,「소득세법」제110조 제1항은 양도소득과세표준 확정신고기한을 해당 과세기간의 다음 연도 5월 31일로 규정하고 있다.
ㅇ 청구인은 2016년 12월 쟁점주택을 양도한 후, 2017년 2월 1세대 1주택 비과세를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 예정신고 하였다.
ㅇ 처분청은 2017년 4월경 이 건 양도소득세에 관한 과세자료가 생성되었음에도 이를 처리하지 않고 있다가, 2022.4.22.에 이르러서야 청구인이 1세대 2주택자로 추가 과세가 필요하다고 보아 청구인에게 과세예고통지서와 양도소득세 고지서를 송달하였다.
ㅇ 심판부는 ‘과세예고통지와 동일 일자에 양도소득세를 고지하여 납세자의 과세전적부심사청구권을 사실상 박탈한 것에 절차상 중대한 하자가 있는지 여부’를 직권으로 심리한 결과, 처분청이 실제 고지가 지연된 것에 대한 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있으므로, 이 건의 경우 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 결과적으로 납세자의 과세전적부심사청구권을 침해한 것이고, 따라서 이 건 처분이 절차상 중대한 하자가 있으므로 그 부과하는 자체가 위법하다고 판단하였다.
③조심 2022지851, 2023.5.8. (인용)
ㅇ「지방세특례제한법」 제78조 제4항 본문 및 제2호 가목은 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고,「상법」제530조의10은 단순분할신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다.
ㅇ청구법인의 모회사는 2019년 4월 쟁점토지 매수계약을 체결하고 계약금을 지급하였고, 2020년 1월 쟁점토지에 공장을 신축하여 사용승인을 받았다.
ㅇ 청구법인은 2020년 4월 단순 물적분할의 방식으로 모회사로부터 분할되어 설립되었고, 모회사로부터 승계사업을 포괄적으로 승계함에 따라 쟁점토지 매매계약서상 매수인을 모회사에서 청구법인으로 변경하는 계약을 체결하였으며, 같은 해 5월 매도인에게 잔금을 지급하고 쟁점토지 소유권을 취득한 후 취득세 등을 신고·납부하였다.
ㅇ 청구법인은 이후 쟁점토지가 산업단지 내 분양토지로 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득한 토지에 해당하므로 취득세 등을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 공장용 건축물이 이미 건축되어 있는 쟁점토지를 취득하였다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
ㅇ 심판부는 이에 대해 청구법인이 2020년 4월 쟁점토지 매매계약을 체결하였으나, ① 이는 모회사의 2019년 4월 매매계약을 해제한 후 새로운 계약을 체결한 것이 아니라,「상법」제530조의10에 따라 모회사의 매매계약상 매수인의 지위를 포괄적으로 승계하여 동일한 내용으로 계약 당사자 명의만 변경하여 계약을 체결한 것이고, ② 실제 쟁점토지 등기사항증명서에 따르더라도 청구법인이 쟁점토지를 취득한 원인은 2019년 4월자 매매계약으로 기재되어 있으므로, 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 원인은 2019년 4월자 매매계약으로 보는 것이 타당하고, 이 건 경위에 비추어 보면 청구법인은 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득한 것으로 봄이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단하였다.
□ 상기와 같은 ‘23년 2/4분기 주요 결정의 요약내용은 붙임과 같으며, 그 전문(全文) 등은 조세심판원 홈페이지(www.tt.go.kr “심판결정례 – 주요심판결정례”)에서 확인할 수 있다.
ㅇ이외의 다른 일반 조세심판 결정 내용(전문)도 위 홈페이지(“심판결정례 – 통합검색”)에서 검색 및 확인이 가능하다.